保障性住房的主要对象是城市中低收入家庭或住房困难户，由政府组织建设，可以享受政府的费用减免，主要由政府定价出售；商品房的对象是所有自然人，按市场运作方式建设，买卖过程中需全额缴纳费用，价格主要由市场决定。具体区别如下：
区别一：供应对象不同。保障性住房的主要对象是城市中低收入家庭或者住房困难户，而商品房购买的对象是所有自然人。
区别二：两者建设方式不同。保障性住房直接是由政府组织建设；而商品房则完全是按市场运作方式建设。
区别三：两者享受的政策不同。保障性住房在建设和销售过程中，政府可以适当的减免部分费用；而商品房在买卖过程中则需要全额缴纳所有的费用。
区别四：定价方式不同。保障性住房的房价主要是由政府定价然后再出售；而商品房的价格主要则由市场具体的情况而决定。而且一般商品房的价格要高于保障性住房的价格，这也是两者最大的区别之一。