1、种类不同
水性漆对人体无害，不污染环境，漆膜丰满、晶莹透亮、柔韧性好并且具有耐水、耐磨、耐老化、耐黄变、干燥快、使用方便等特点。
聚酯漆也叫不饱和聚酯漆，它是一种多组分漆，是用聚酯树脂为主要成膜物制成的一种厚质漆。聚脂漆的漆膜丰满，层厚面硬。
2、成分不同
水性漆以水作溶剂，节省大量资源；消除了施工时火灾危险性；降低了对大气污染；仅采用少量低毒性醇醚类有机溶剂，改善了作业环境条件。一般的水性涂料有机溶剂（占涂料）在5%-15%之间，而阴极电泳涂料已降至1.2%以下，对降低污染节省资源效果显著。
聚酯漆同样拥有清漆品种，叫聚脂清漆。聚脂漆施工过程中需要进行固化，这些固化剂的份量占了油漆总份量三分之一。这些固化剂也称为硬化剂，其主要成分是TDI。
3、特点不同
水性漆强耐热性能可以涂在桌面上放置盛有沸腾水的茶壶（即可以耐100℃温度），同时涂在地板等处也可以发挥其强耐擦痕的涂膜特长。
聚酯漆不仅色彩十分丰富，而且漆膜厚度大，喷涂两三遍即可，并能完全把基层的材料覆盖，所以做家具可以在密度板上直接刷聚酯漆就可以了，对基层材料的要求并不高。