外观上，智能马桶整体设计更美观且设置更合理，普通马桶背部有一个大型的水箱；功能上，智能马桶具备自动冲水、座圈加热、除臭、暖风干燥等丰富功能；安全性方面，智能马桶存在漏电、断电等安全隐患，而普通马桶一般不存在安全隐患。具体区别如下：
从外观上看，智能马桶是水箱和坐便器一体化设计，整体设计更美观且设置更合理，而传统的坐式马桶背部有一个大型的水箱。除此之外，智能马桶的侧面一般会配置一个相对复杂的操作面板，用于控制自动冲洗时的水量水温等等，或者是增设一支遥控器，相比起普通马桶按一下按钮就可以冲水的设置，智能马桶的操作虽然变得更强大了，但却也增加了老人和小孩的使用难度，错误的操作可能会使得智能马桶无法顺畅冲水、除臭、加热等。
从功能上来说，智能马桶比普通马桶要强大许多。普通马桶只具备简单的冲水和排污功能，长期使用细菌很容易粘在马桶的坐垫上，影响我们的身体健康。而智能马桶则具备自动冲水、座圈加热、除臭、暖风干燥等功能，而二者功能最大的区别是智能马桶采用水洗洁净的方式在上完厕所后对使用者的臀部和下身进行清洗，从而免去了对纸巾的使用，也减少了购买纸张的成本。
安全性对比。智能马桶由于具备座圈加热、自动冲水、暖风干燥等功能。为了实现这些功能，我们必须保证智能马桶与电源接通，而任何家居用品只要设计成电力驱动的，在一定程度上就成了家用电器产品。因而也都会存在漏电、断电等安全隐患。一般来说，品牌智能马桶都会设计有防漏电装置，马桶制作材料也是阻燃剂材料，但长时间的使用仍然有可能使得材料磨损，机器老化，从而造成危险。而普通陶瓷马桶因为不需要接通电源就可以使用，因此除了马桶座圈上容易滋生细菌外，一般不存在其他安全隐患。